细菌的生理
文 / 陈锦英
细菌的生理活动包括摄取和合成营养物质，进行新陈代谢及生长繁殖。整个生理活动的中心是新陈代谢，细菌的代谢活动十分活跃而且多样化，繁殖迅速是其显著的特点。细菌的代谢过程中可产生多种对医学和工农业生产等有重要意义的代谢产物。对于致病菌，了解其代谢与致病的关系，有助于设计和寻找有关诊断和防治的方法。
第一节 细菌的理化性状
一、细菌的化学组成
细菌和其他生物细胞相似，含有多种化学成分，包括水、无机盐、蛋白质、糖类、脂质和核酸等。水分是菌细胞重要的组成部分，占细胞总重量的75%～90%。菌细胞去除水分后，主要为有机物，包括碳、氢、氮、氧、磷和硫等。还有少数的无机离子，如钾、钠、铁、镁、钙、氯等，用以构成细菌的各种成分及维持酶的活性和跨膜化学梯度。细菌尚含有一些原核细胞型微生物特有的化学组成，如肽聚糖、胞壁酸、磷壁酸、D型氨基酸、二氨基庚二酸、吡啶二羧酸等。这些物质在真核细胞中还未发现。
二、细菌的物理性状
光学性质 细菌为半透明体。当光线照射至细菌，部分被吸收，部分被折射，故细菌悬液呈混浊状态。菌数越多浊度越大，使用比浊法或分光光度计可以粗略地估计细菌的数量。由于细菌具有这种光学性质，可用相差显微镜观察其形态和结构。
表面积 生物体代谢与表面积/体积比有重要关系。细菌体积微小，相对表面积大，有利于同外界进行物质交换。如葡萄球菌直径约1μm，则1cm3体积的表面积可达60000cm2；直径为1cm的生物体，每cm3体积的表面积仅6cm2，两者相差1万倍。因此细菌的代谢旺盛，繁殖迅速。
带电现象 细菌固体成分的50%～80%是蛋白质，蛋白质由兼性离子氨基酸组成。革兰阳性菌等电点（pI）为2～3，革兰阴性菌pI为4～5，故在近中性或弱碱性环境中，细菌均带负电荷，尤以前者所带电荷更多。细菌的带电现象与细菌的染色反应、凝集反应、抑菌和杀菌作用等都有密切关系。
半透性 细菌的细胞壁和细胞膜都有半透性，允许水及部分小分子物质通过，有利于吸收营养和排出代谢产物。
渗透压 细菌体内含有高浓度的营养物质和无机盐，一般革兰阳性菌的渗透压高达20～25个大气压，革兰阴性菌为5～6个大气压。细菌所处一般环境相对低渗，但有坚韧细胞壁的保护不致崩裂。若处于比菌内渗透压更高的环境中，菌体内水分逸出，胞质浓缩，细菌就不能生长繁殖。
第二节 细菌的营养
一、细菌的营养类型
各类细菌的酶系统不同，代谢活性各异，因而对营养物质的需要也不同。根据细菌所利用的能源和碳源不同，将细菌分为两大营养类型。
自养菌（autotroph） 该类菌以简单的无机物为原料，如利用CO2、CO32―作为碳源，利用N2、NH3、NO2―、NO3―等作为氮源，合成菌体成分。这类细菌所需能量来自无机物的氧化称为化能自养菌，或通过光合作用获得能量称为光能自养菌。
异养菌（heterotroph） 该类菌必须以多种有机物为原料，如蛋白质、糖类等，才能合成菌体成分并获得能量。异养菌包括腐生菌（saprophyte）和寄生菌（parasite）。腐生菌以动植物尸体、腐败食物等作为营养物；寄生菌寄生于活体内，从宿主的有机物获得营养。所有的病原菌都是异养菌，大部分属寄生菌。
二、细菌的营养物质
对细菌（指病原菌）进行人工培养时，必须供给其生长所必须的各种成分，一般包括水、碳源、氮源、无机盐和生长因子等。
三、细菌摄取营养物质的机制
水和水溶性物质可以通过具有半透膜性质的细胞壁和细胞膜进入细胞内，蛋白质、多糖等大分子营养物需经细菌分泌的胞外酶作用分解成小分子物质才能被吸收。
营养物质进入菌体内的方式有被动扩散和主动转运系统。
被动扩散 被动扩散指营养物质从浓度高向浓度低的一侧扩散，其驱动力是浓度梯度，不需要提供能量。将不需要任何细菌组分的帮助，营养物就可以进入细胞质内的过程称为简单扩散。如果需要细菌的特异性蛋白来帮助或促进营养物的跨膜转运称为易化扩散。如甘油的转运就属于后者，进入细菌内的甘油要被甘油激酶催化形成磷酸甘油才能在菌体内积累。
主动转运系统 主动转运系统是细菌吸收营养物质的主要方式，其特点是营养物质从浓度低向浓度高的一侧转运，并需要提供能量。细菌有如下三种主动转运系统：
1．依赖于周浆间隙结合蛋白的转运系统 营养物与周浆间隙内的受体蛋白结合后，引起后者构型的改变，继而将营养物转送给细胞膜上的ATP结合型载体，导致ATP水解提供能量和营养物通过细胞膜进入胞质内。革兰阳性菌以膜结合脂蛋白作为该系统的受体蛋白。
2．化学渗透驱使转运系统 该系统利用膜内外两侧质子或离子浓度差产生的质子动力或钠动力为驱使营养物越膜转移的能量。转运营养物的载体是电化学离子梯度透性酶，这种酶是一种能够进行可逆性氧化还原反应的疏水性膜蛋白，即在氧化状态与营养物结合，而在还原状态时其构象发生变化，使营养物释放进入胞质内。
3．基团转移 营养物在转运的过程中被磷酸化，并将营养物的转运与代谢相结合，更为有效地利用能量。如大肠埃希菌摄入葡萄糖需要的磷酸转移酶系统，细胞膜上的载体蛋白首先在胞质内从磷酸烯醇丙酮酸获得磷酸基团后，在细胞膜的外表面与葡萄糖相结合，将其送入胞质内后释放出6-磷酸葡萄糖。经过磷酸化的葡萄糖在胞内累积，不能再逸出菌体。
第三节 细菌的生长与繁殖
一、影响细菌生长的环境因素
营养物质、能量和适宜的环境是细菌生长繁殖的必备条件。
营养物质 充足的营养物质可以为细菌的新陈代谢及生长繁殖提供必要的原料和充足的能量。
氢离子浓度（pH） 每种细菌都有一个可生长的pH范围， 以及最适生长pH。多数病原菌最适pH为7.2～7.6，在宿主体内极易生存；个别细菌如霍乱弧菌在pH8.4～9.2生长最好，结核分枝杆菌生长的最适pH为6.5～6.8。细菌通过细胞膜的质子转运系统调节细胞内的pH。
温度 各类细菌对温度的要求不一。藉此分为嗜冷菌，其生长范围-5℃～30℃，最适生长为10℃～20℃；嗜温菌，生长范围10℃～45℃，最适20℃～40℃；嗜热菌，生长范围25℃～95℃，最适50℃～60℃。病原菌在长期进化过程中适应人体环境，均为嗜温菌，最适生长温度为人的体温，即37℃。细菌与动物或植物一样，当突然暴露于高出适宜生长温度的环境下，可暂时性合成热休克蛋白（heat-shock proteins，Hsp）。这些蛋白质具有耐热性，因而对菌细胞内的热敏感蛋白质起到稳定作用。
气体 根据细菌代谢时对分子氧的需要与否，可以分四类。
1．专性需氧菌（obligate aerobe） 具有完善的呼吸酶系统，需要分子氧作为受氢体来完成需氧呼吸，仅能在有氧环境下生长。如结核分枝杆菌、霍乱弧菌。
2．微需氧菌（microaerophilic bacterium） 在低氧压（～5%）下生长最好，氧浓度＞10%对其有抑制作用。如空肠弯曲菌、幽门螺杆菌。
3．兼性厌氧菌（facultative anaerobe） 兼有需氧呼吸和无氧发酵两种功能，不论在有氧或无氧环境中都能生长，但以有氧时生长较好。大多数病原菌属于此。
4．专性厌氧菌（obligate anaerobe） 缺乏完善的呼吸酶系统，利用氧以外的其他物质作为受氢体，只能在无氧环境中进行发酵。有游离氧存在时，不但不能利用分子氧，而且还能受其毒害，甚至死亡。如破伤风梭菌、脆弱拟杆菌。
专性厌氧菌在有氧环境中不能生长，可能由于下述原因：
（1）缺乏氧化还原电势（Eh）高的呼吸酶：各种物质均有其固有的Eh。在氧化还原过程中，Eh高的物质可氧化Eh低的物质，反之不能。人组织的Eh约为150mV，普通培养基在有氧环境中Eh可达300mV左右，因此细菌必须具有Eh比它们更高的呼吸酶，如细胞色素和细胞色素氧化酶，才能氧化环境中的营养物质。专性厌氧菌缺乏这类高Eh呼吸酶，只能在120mV以下的Eh时生长，有氧时Eh 高于此值，故不能生长。
（2）缺乏分解有毒氧基团的酶：细菌在有氧环境中代谢时，常产生具有强烈杀菌作用的超氧阴离子（O2-）和过氧化氢（H2O2）。需氧菌有超氧化物歧化酶（superoxide dismutase，SOD）和触酶（catalase），前者将超氧阴离子还原成过氧化氢，后者将过氧化氢分解为水和分子氧。有的细菌不产生触酶，而是产生过氧化物酶（peroxidase），将H2O2还原成无毒的水分子。
专性厌氧菌缺乏这三种酶，故在有氧时受到有毒氧基团的影响而不能生长繁殖。
渗透压 一般培养基的盐浓度和渗透压对大多数细菌是安全的，少数细菌如嗜盐菌（halophilic bacterium）需要在高浓度（3%）的NaCl环境中生长良好。细菌通过补偿K+主动转运和带有正电荷的有机多胺（丁二胺）的补偿性分泌来调节细胞内的渗透压和离子强度。因此，细菌可以耐受外部较大范围的渗透压和离子强度的变化。
二、细菌的生长与繁殖
细菌个体的生长繁殖 细菌一般以简单的二分裂方式（binary fission）进行无性繁殖。在适宜条件下，多数细菌繁殖速度很快。细菌分裂数量倍增所需要的时间称为代时（generation time），多数细菌为20～30分钟。个别细菌繁殖速度较慢，如结核分枝杆菌的代时达18～20小时。
细菌分裂时菌体首先增大，染色体复制。革兰阳性菌的染色体与中介体相连，当染色体复制时，中介体一分为二，各向两端移动，分别将复制好的一条染色体拉向细胞的一侧。接着染色体中部的细胞膜向内陷入，形成横隔。同时细胞壁亦向内生长，最后肽聚糖水解酶使细胞壁肽聚糖的共价键断裂，分裂成为两个菌细胞。革兰阴性菌无中介体，染色体直接连接在细胞膜上。复制产生的新染色体则附着在邻近的一点上，在两点间形成的新细胞膜将各自的染色体分隔在两侧。最后细胞壁沿横隔内陷，整个细胞分裂成两个子代细菌。
细菌群体的生长繁殖 细菌生长速度很快，一般细菌约20分钟分裂一次。若按此速度计算，一个细菌经7小时可繁殖到约200万个，10小时后可达10亿以上，细菌群体将庞大到难以想象的程度。但事实上由于细菌繁殖中营养物质的逐渐耗竭，有害代谢产物的逐渐积累，细菌不可能始终保持高速度的无限繁殖。经过一段时间后，细菌繁殖速度渐减，死亡菌数增多，活菌增长率随之下降并趋于停滞。
将一定数量的细菌接种于适宜的液体培养基中，连续定时取样检查活菌数，可发现其生长过程的规律性。以培养时间为横坐标，培养物中活菌数的对数为纵坐标，可绘制出一条生长曲线（growth curve）（图2-1）。
图2-1 大肠埃希菌的生长曲线
根据细菌浓度，生长曲线可分为六期，即A～F，其中较重要的四个期分述如下。
1．迟缓期（A） 细菌进入新环境后的短暂适应阶段。该期菌体增大，代谢活跃，为细菌的分裂繁殖合成并积累充足的酶、辅酶和中间代谢产物；但分裂迟缓，繁殖极少。迟缓期长短不一，按菌种、接种菌的菌龄和菌量，以及营养物等不同而异，一般为1～ 4小时。
2．对数期（C） 又称指数期（exponential phase）。细菌在该期处于稳定状况， 生长迅速，活菌数以恒定的几何级数增长，生长曲线图上细菌数的对数呈直线上升，达到顶峰状态。此期细菌的形态、染色性、生理活性等都较典型，对外界环境因素的作用敏感。因此，研究细菌的生物学性状（形态染色、生化反应、药物敏感试验等）应选用该期的细菌。一般细菌对数期在培养后的8～18小时。
3．最大稳定期（E） 由于培养基中营养物质消耗，有害代谢产物积聚，该期细菌繁殖速度渐减，死亡数缓慢增加，生长分裂和死亡的菌细胞数处于平衡状态。需氧菌限制其生长的因素通常是氧，当细菌浓度超出1×107/ml，生长速率就会下降；达到4～5×109／ml时，即使振荡培养，氧扩散的速度也难以满足细菌生长的要求。该期细菌形态、染色性和生理性状常有改变。一些细菌的芽胞、外毒素和抗生素等代谢产物大多在最大稳定期产生。
4．衰亡期（F） 最大稳定期后细菌繁殖越来越慢，死亡数越来越多，并超过活菌数。该期细菌形态显著改变，出现衰退型或菌体自溶，难以辨认，生理代谢活动也趋于停滞。因此，陈旧培养的细菌难以鉴定。
细菌生长曲线只有在体外人工培养的条件下才能观察到。在自然界或人类、动物体内繁殖时，受多种环境因素和机体免疫因素的多方面影响，不可能出现在培养基中的那种典型的生长曲线。
细菌的生长曲线在研究工作和生产实践中都有指导意义。掌握细菌生长规律，可以人为地改变培养条件，调整细菌的生长繁殖阶段，更为有效地利用对人类有益的细菌。
第四节 细菌的新陈代谢
细菌的新陈代谢是指菌细胞内分解代谢与合成代谢的总和，其显著特点是代谢旺盛和代谢类型多样化。分解代谢是底物分解和转化为能量的过程；合成代谢是指所产生的能量用于细胞组分的合成过程；将两者紧密结合在一起的称为中间代谢。伴随代谢过程细菌还将产生许多在医学上有重要意义的代谢产物。
一、细菌的能量代谢
细菌能量代谢活动中主要涉及ATP形式的化学能。细菌的有机物分解或无机物氧化过程中释放的能量通过底物磷酸化或氧化磷酸化合成ATP。
生物体能量代谢的基本生化反应是生物氧化。生物氧化的方式包括加氧、脱氢和脱电子反应，细菌则以脱氢或氢的传递更为常见。在有氧或无氧环境中，各种细菌的生物氧化过程、代谢产物和产生能量的多少均有所不同。以有机物为受氢体的称为发酵；以无机物为受氢体的称为呼吸，其中以分子氧为受氢体的是需氧呼吸，以其他无机物（硝酸盐、硫酸盐等）为受氢体的是厌氧呼吸。需氧呼吸在有氧条件下进行，厌氧呼吸和发酵必须在无氧条件下进行。
病原菌合成细胞组分和获得能量的基质（生物氧化的底物）主要为糖类，通过糖的氧化或酵解释放能量，并以高能磷酸键的形式（ADP、ATP）储存能量。现以葡萄糖为例，简述细菌的能量代谢。
发酵
1．糖酵解 这是大多数细菌共有的基本代谢途径，专性厌氧菌产能的唯一途径。反应最终的受氢体为未彻底氧化的中间代谢产物，产生能量远比需氧呼吸少。1分子葡萄糖可生成2分子丙酮酸，产生2分子ATP和2分子NADH + H+。关于丙酮酸以后的代谢随细菌的种类不同而异。
2.磷酸戊糖途径 是糖酵解途径的分支，由己糖生成戊糖的循环途径。其主要功能是为生物合成提供前体和还原能，反应获得的12（NADPH+H+）可供进一步利用，产能效果仅为糖酵解途径的一半，所以不是产能的主要途径。
需氧呼吸 1分子葡萄糖在有氧条件下彻底氧化，生成CO2 、H2O，并产生38分子ATP。需氧呼吸中，葡萄糖经过糖酵解途径生成丙酮酸，后者脱羧产生乙酰辅酶A后进入三羧酸循环彻底氧化。然后将脱出的氢进入电子传递链进行氧化磷酸化，最终以分子氧作为受氢体。需氧菌和兼性厌氧菌进行需氧呼吸。
厌氧呼吸 专性厌氧菌没有需氧电子传递链和完整的三羧酸循环，1分子葡萄糖经厌氧糖酵解只能产生2分子ATP，最终以外源的无机氧化物（CO2 、SO42- 、NO3—）作为受氢体的一类产能效率低的特殊呼吸。
二、细菌的代谢产物
分解代谢产物和细菌的生化反应 各种细菌所具有的酶不完全相同，对营养物质的分解能力亦不一致，因而其代谢产物有别。根据此特点，利用生物化学方法来鉴别不同细菌称为细菌的生化反应试验（biochemical reaction），这对于一些形态和培养特性上不能区别而代谢上不同的菌种鉴别尤为重要。常见的有：
1．糖发酵试验 不同细菌分解糖类的能力和代谢产物不同。例如大肠埃希菌能发酵葡萄糖和乳糖；而伤寒沙门菌可发酵葡萄糖，但不能发酵乳糖。即使两种细菌均可发酵同一糖类，其结果也不尽相同，如大肠埃希菌有甲酸脱氢酶，能将葡萄糖发酵生成的甲酸进一步分解为CO2和H2，故产酸并产气；而伤寒沙门菌缺乏该酶，发酵葡萄糖仅产酸不产气。
2．VP（Voges-Proskauer）试验 大肠埃希菌和产气肠杆菌均能发酵葡萄糖，产酸产气，两者不能区别。但产气肠杆菌能使丙酮酸脱羧生成中性的乙酰甲基甲醇，后者在碱性溶液中被氧化生成二乙酰，二乙酰与含胍基化合物反应生成红色化合物，是为VP试验阳性。大肠埃希菌不能生成乙酰甲基甲醇，故VP试验阴性。
3．甲基红（methyl red）试验 产气肠杆菌分解葡萄糖产生丙酮酸，后者经脱羧后生成中性的乙酰甲基甲醇，故培养液pH>5.4，甲基红指示剂呈桔黄色，是为甲基红试验阴性。大肠埃希菌分解葡萄糖产生丙酮酸，培养液pH ≤4.5，甲基红指示剂呈红色，则为甲基红试验阳性。
4．枸橼酸盐利用（citrate utilization）试验 当某些细菌（如产气肠杆菌）利用铵盐作为唯一氮源，并利用枸橼酸盐作为唯一碳源时，可在枸橼酸盐培养基上生长，分解枸橼酸盐生成碳酸盐，并分解铵盐生成氨，使培养基变为碱性，是为该试验阳性。大肠埃希菌不能利用枸橼酸盐为唯一碳源，故在该培养基上不能生长，是为枸橼酸盐试验阴性。
5．吲哚（indol）试验 有些细菌如大肠埃希菌、变形杆菌、霍乱弧菌等能分解培养基中的色氨酸生成吲哚（靛基质），经与试剂中的对二甲基氨基苯甲醛作用，生成玫瑰吲哚而呈红色，是为吲哚试验阳性。
6．硫化氢试验 有些细菌如沙门菌、变形杆菌等能分解培养基中的含硫氨基酸（如胱氨酸、甲硫氨酸）生成硫化氢，硫化氢遇铅或铁离子生成黑色的硫化物。
7．尿素酶试验 变形杆菌有尿素酶，能分解培养基中的尿素产生氨，使培养基变碱，以酚红为指示剂检测为红色，是为尿素酶试验阳性。
细菌的生化反应用于鉴别细菌，尤其对形态、革兰染色反应和培养特性相同或相似的细菌更为重要。吲哚（I）、甲基红（M）、VP（V）、枸橼酸盐利用（C）四种试验常用于鉴定肠道杆菌，合称为IMViC试验。例如大肠埃希菌对这四种试验的结果是“++--”，产气肠杆菌则为“--++”。
现代临床细菌学已普遍采用微量、快速的生化鉴定方法。同时，也可用细菌鉴定软件分析细菌的生化反应谱。更为先进的如VITEK全自动细菌鉴定及高级专家系统药敏报告仪实现了细菌生化鉴定的自动化。此外，应用气相、液相色谱法鉴定细菌分解代谢产物中挥发性或非挥发性有机酸和醇类，能够快速确定细菌的种类。
合成代谢产物及其医学上的意义 细菌利用分解代谢中的产物和能量不断合成菌体自身成分，如细胞壁、多糖、蛋白质、脂肪酸、核酸等，同时还合成一些在医学上具有重要意义的代谢产物。
1．热原质（pyrogen） 或称致热原，是细菌合成的一种注入人体或动物体内能引起发热反应的物质，称为热原质。产生热原质的细菌大多是革兰阴性菌，热原质即其细胞壁的脂多糖。
热原质耐高温，高压蒸气灭菌（121℃、20分钟）亦不被破坏，250℃高温干烤才能破坏热原质。用吸附剂和特殊石棉滤板可除去液体中大部分热原质，蒸馏法效果最好。因此，在制备和使用注射药品过程中应严格遵守无菌操作，防止细菌污染。
2．毒素与侵袭性酶 细菌产生外毒素和内毒素两类毒素，在细菌致病作用中甚为重要。外毒素（exotoxin）是多数革兰阳性菌和少数革兰阴性菌在生长繁殖过程中释放到菌体外的蛋白质；内毒素（endotoxin）是革兰阴性菌细胞壁的脂多糖，当菌体死亡崩解后游离出来，外毒素毒性强于内毒素。
某些细菌可产生具有侵袭性的酶，能损伤机体组织，促使细菌的侵袭和扩散，是细菌重要的致病物质。如产气荚膜梭菌的卵磷脂酶，链球菌的透明质酸酶等。
3．色素（pigment） 某些细菌能产生不同颜色的色素，有助于鉴别细菌。细菌的色素有两类，一类为水溶性，能弥散到培养基或周围组织，如铜绿假单胞菌产生的色素使培养基或感染的脓汁呈绿色。另一类为脂溶性，不溶于水，只存在于菌体，使菌落显色而培养基颜色不变，如金黄色葡萄球菌的色素。细菌色素产生需要一定的条件，如营养丰富、氧气充足、温度适宜。细菌色素不能进行光合作用，其功能尚不清楚。
4．抗生素（antibiotic） 某些微生物代谢过程中产生的一类能抑制或杀死某些其他微生物或肿瘤细胞的物质，称为抗生素。抗生素大多由放线菌和真菌产生，细菌产生的少，只有多粘菌素（polymyxin）、杆菌肽（bacitracin）等。
5．细菌素（bacteriocin） 某些菌株产生的一类具有抗菌作用的蛋白质称为细菌素。细菌素与抗生素不同的是作用范围狭窄，仅对与产生菌有亲缘关系的细菌有杀伤作用，如大肠埃希菌产生的细菌素称大肠菌素（colicin），其编码基因位于Col质粒上。细菌素在治疗上的应用价值已不被重视，但可用于细菌分型和流行病学调查。
6．维生素（vitamin） 细菌能合成某些维生素，除供自身需要外，还能分泌至周围环境中，如人体肠道内大肠埃希菌合成的B族维生素和维生素K可被人体吸收利用。
第五节 细菌的人工培养
一、培养细菌的方法
人工培养细菌，除需要提供充足的营养物质使细菌获得生长繁殖所需要的原料和能量外，尚要有适宜的环境条件，如酸碱度、渗透压、温度和必要的气体等。
根据不同标本及不同培养目的，可选用不同的接种和培养方法，常用细菌分离培养和纯培养两种方法。已接种标本或细菌培养基置于合适的气体环境，需氧菌和兼性厌氧菌置于空气中即可，专性厌氧菌须在无游离氧的环境中培养。多数细菌在代谢过程中需要CO2，但分解糖类时产生的CO2已足够其所需，且空气中还有微量CO2，不必额外补充。只有少数菌如布鲁菌、脑膜炎奈瑟菌、淋病奈瑟菌等，初次分离培养时必须在5%～10% CO2环境中才能生长。
病原菌的人工培养一般采用35℃～37℃，培养时间多数为18～24小时，但有时需根据菌种及培养目的作最佳选择，如细菌的药物敏感试验则应选用对数期的培养物。
二、培养基
培养基（culture medium）是由人工方法配制而成的，专供微生物生长繁殖使用的混合营养物制品。通常培养基pH为7.2～7.6，少数细菌按生长要求调整pH偏酸或偏碱。许多细菌在代谢过程中分解糖类产酸，故常在培养基中加入缓冲剂，以保持稳定的pH。培养基制成后必须经灭菌处理。
培养基按其营养组成和用途不同，分为以下几类：
基础培养基 基础培养基（basic medium）含有多数细菌生长繁殖所需的基本营养成分。它是配制特殊培养基的基础，也可作为一般培养基用。如营养肉汤（nutrient broth）、营养琼脂（nutrient agar）、蛋白胨水等。
增菌培养基 若了解某种细菌的特殊营养要求，可配制出适合这种细菌而不适合其他细菌生长的增菌培养基（enrichment medium）。在这种培养基上生长的是营养要求相同的细菌群。它包括通用增菌培养基和专用增菌培养基，前者为基础培养基中添加合适的生长因子或微量元素等，以促使某些特殊细菌生长繁殖，例如链球菌、肺炎链球菌需在含血液或血清的培养基中生长；后者又称为选择性增菌培养基，即除固有的营养成分外，再添加特殊抑制剂，有利于目的菌的生长繁殖，如碱性蛋白胨水用于霍乱弧菌的增菌培养。
选择培养基 在培养基中加入某种化学物质，使之抑制某些细菌生长，而有利于另一些细菌生长，从而将后者从混杂的标本中分离出来，这种培养基称为选择培养基（selective medium）。例如培养肠道致病菌的SS琼脂，其中的胆盐能抑制革兰阳性菌，枸橼酸钠和煌绿能抑制大肠埃希菌，因而使致病的沙门菌和志贺菌容易分离到。若在培养基中加入抗生素，也可起到选择作用。实际上有些选择培养基、增菌培养基之间的界限并不十分严格。
鉴别培养基 用于培养和区分不同细菌种类的培养基称为鉴别培养基（differential medium）。利用各种细菌分解糖类和蛋白质的能力及其代谢产物不同，在培养基中加入特定的作用底物和指示剂，一般不加抑菌剂，观察细菌在其中生长后对底物的作用，从而鉴别细菌。如常用的糖发酵管、三糖铁培养基、伊红-美蓝琼脂等。
厌氧培养基 专供厌氧菌分离、培养和鉴别用的培养基，称为厌氧培养基（anaerobic medium）。这种培养基营养成分丰富，含有特殊生长因子，氧化还原电势低，并加入美蓝作为氧化还原指示剂。其中心脑浸液、肝块和肉渣含有不饱和脂肪酸，能吸收培养基中的氧；硫乙醇酸盐和半胱氨酸是较强的还原剂；维生素K1、氧化血红素可以促进某些拟杆菌的生长。常用的有庖肉培养基（cooked meat medium ）、硫乙醇酸盐肉汤等，并在液体培养基表面加入凡士林或液体石蜡以隔绝空气。
此外，也可根据培养基的物理状态不同分为液体、固体和半固体三大类。在液体培养基中加入1.5%的琼脂粉，即凝固成固体培养基；琼脂粉含量在0.3%～0.5%时，则为半固体培养基。琼脂在培养基中起赋形剂作用，不具营养意义。液体培养基可用于大量繁殖细菌，但必须接种纯种细菌；固体培养基常用于细菌的分离和纯化；半固体培养基则用于观察细菌的动力和短期保存细菌。
三、细菌在培养基中的生长情况
在液体培养基中生长情况 大多数细菌在液体培养基中生长繁殖后呈现均匀混浊状态；少数链状的细菌则呈沉淀生长；枯草芽胞杆菌、结核分枝杆菌等专性需氧菌呈表面生长，常形成菌膜。
在固体培养基中生长情况 将标本或培养物划线接种在固体培养基的表面，因划线的分散作用，使许多原混杂的细菌在固体培养基表面上散开，称为分离培养。一般经过18～24小时培养后，单个细菌分裂繁殖成一堆肉眼可见的细菌集团，称为菌落（colony）。挑取一个菌落，移种到另一培养基中，生长出来的细菌均为纯种，称为纯培养（pure culture）。这是从临床标本中检查鉴定细菌很重要的第一步。各种细菌在固体培养基上形成的菌落，在大小、形状、颜色、气味、透明度、表面光滑或粗糙、湿润或干燥、边缘整齐与否，以及在血琼脂平板上的溶血情况等均有不同表现，这些有助于识别和鉴定细菌。此外，取一定量的液体标本或培养液均匀接种于琼脂平板上，可计数菌落，推算标本中的活菌数。这种菌落计数法常用于检测自来水、饮料、污水和临床标本的活菌含量。
细菌的菌落一般分为三型：
1．光滑型菌落（smooth colony，S型菌落） 新分离的细菌大多呈光滑型菌落，表面光滑、湿润、边缘整齐。
2．粗糙型菌落（rough colony，R型菌落） 菌落表面粗糙、干燥、呈皱纹或颗粒状，边缘大多不整齐。R型细菌多由S型细菌变异失去菌体表面多糖或蛋白质形成。R型细菌抗原不完整，毒力和抗吞噬能力都比S型菌弱。但也有少数细菌新分离的毒力株就是R型，如炭疽芽胞杆菌、结核分枝杆菌等。
3．粘液型菌落（mucoid colony，M型菌落） 粘稠、有光泽，似水珠样。多见于有厚荚膜或丰富粘液层的细菌，如肺炎克雷伯菌等。
在半固体培养基中生长情况 半固体培养基粘度低，有鞭毛的细菌在其中仍可自由游动，沿穿刺线呈羽毛状或云雾状混浊生长。无鞭毛细菌只能沿穿刺线呈明显的线状生长。
四、人工培养细菌的用途
在医学中的应用 细菌培养对疾病的诊断、预防、治疗和科学研究都具有重要的作用。
1．感染性疾病的病原学诊断 明确感染性疾病的病原菌必须取病人有关标本进行细菌分离培养、鉴定和药物敏感试验，其结果可指导临床用药。
2．细菌学的研究 有关细菌生理、遗传变异、致病性和耐药性等研究都离不开细菌的培养和菌种的保存等。
3．生物制品的制备 供防治用的疫苗、类毒素、抗毒素、免疫血清及供诊断用的菌液、抗血清等均来自培养的细菌或其代谢产物。
在工农业生产中的应用 细菌培养和发酵过程中的多种代谢产物在工农业生产中有广泛用途，可制成抗生素、维生素、氨基酸、有机溶剂、酒、酱油、味精等产品。细菌培养物还可生产酶制剂，处理废水和垃圾，制造菌肥和农药等。
在基因工程中的应用 将带有外源性基因的重组DNA转化给受体菌，使其在菌体内能获得表达。细菌操作方便，容易培养，繁殖快，基因表达产物易于提取纯化，故可以大大地降低成本。如应用基因工程技术已成功地制备了胰岛素、干扰素、乙型肝炎疫苗等。
第六节 细菌的分类
一、细菌的分类原则与层次
细菌的分类原则上分为传统分类和种系分类两种。传统分类又称为人为分类（artificial classification），是选择一些较为稳定的生物学性状，如菌体形态与结构、染色性、培养特性、生化反应、抗原性等作为分类的基础。并借助计算机将拟分类的细菌按其性状的相似程度进行归类（一般种的水平相似度＞80%），以此划分种和属。
种系分类（phylogenetic classification），又称为自然分类（natural classification），是根据组成细菌的大分子（核酸、蛋白质等）同源程度进行分类。包括DNA碱基组成（G+C mol%）、核酸分子杂交（DNA-DNA同源性、DNA-rRNA同源性）和16S rRNA同源性分析，揭示了细菌进化的信息。其中16S rRNA更为重要，因其在进化过程中保守、稳定，很少发生变异。1987年Carl R Woese在大量16S rRNA序列分析的基础上，描绘出生物系统发育树，由真细菌（Eubacteria）、古细菌（Archaebacteria）和真核生物（Eukaryote）共同构成并列的生物三原界。真细菌指比较常见的细菌（bacteria）。古细菌和真细菌同为原核生物，核糖体均为70S。古细菌生存在极端环境（高温、高盐、低pH）中，细胞壁无肽聚糖，蛋白质合成起始甲硫氨酸不需甲酰化，tRNA基因中有内含子，含有多种依赖于DNA的RNA多聚酶，蛋白质合成对白喉毒素的抑制敏感，而对氯霉素的抑制不敏感，这些特性与真核生物相同，而与真细菌不同。目前，尚未在古细菌中发现病原菌。
国际上最具权威性的细菌分类系统专著“伯杰氏系统细菌学手册（1984）”和“伯杰氏鉴定细菌学手册，第9版（1994）”都已反应了细菌种系分类的研究进展，但在 具体编排上也保留了许多传统分类的安排。目前，伯杰（Bergey）分类将细菌分为四大类目、35个群，医学细菌包括在内。
自然界生物分为6界，即病毒界、原核生物界、原生生物界、真菌界、植物界和动物界。细菌属于原核生物界，为种系分类的真细菌；广义的细菌包括各类原核细胞型微生物，如细菌、放线菌、衣原体、支原体、立克次体和螺旋体；狭义的细菌专指其中的细菌，它的种类最多、数量最大、最具代表性。
细菌的分类层次与其他生物相同，也是界、门、纲、目、科、属、种。在细菌中常用属和种。
种（species）是细菌分类的基本单位。生物学性状基本相同的细菌群体构成一个菌种；性状相近关系密切的若干菌种组成一个菌属（genus）。同一菌种的各个细菌，虽性状基本相同，但在某些方面仍有一定差异，差异较明显的称亚种（subspecies，subsp.）或变种（variety，var.），差异小的则为型（type）。变种因易与亚种混淆，已不再单独使用，与其他词复合构成代替“型”的术语，如biovar就是生物型（biotype）。
对天然来源的每一个原始培养物称为分离物（isolate）。对确定为共同来源的由单个细菌形成的群体（包括原始培养物和传代培养物）称为菌株（strain）。在流行病学上，具有共同祖先的引起感染暴发流行的菌株统称为克隆（clone），从遗传学角度意味着它们完全相同。此外，在细菌学分类中将具有某个种细菌典型特征的菌株称为该菌种的标准菌株（standard strain）或模式菌株（type strain）。
在追踪感染来源的调查中，把对某一菌株的鉴定或种内不同菌株间的鉴别称为种下分型，这对判断菌株和分离物之间的差别是非常重要的。经典种下分型的方法有生物分型（biotyping）、血清学分型（serotyping）、抗微生物药物敏感性试验（antimicrobial susceptibility test）、噬菌体分型（bacteriophage typing）和细菌素分型（bacteriocin typing）。近些年来发展起来的分型方法还有：①用单克隆抗体建立的高度标准化血清学分型系统（highly standardized serology-based subtyping system）；②基于大分子靶位（LPS、蛋白质）的分型方法，如LPS电泳带谱分析，全细胞或外膜蛋白谱分析，多点酶电泳分析（multilocus enzyme electrophoresis，MLEE）；③基于核酸的分型方法，如质粒谱分析，核型分析，脉冲场凝胶电泳分析，PCR扩增，随机引物PCR，PCR-限制性片段长度多态性分析，核酸序列分析等。
二、细菌的命名法
细菌的命名采用拉丁双名法，每个菌名由两个拉丁字组成。前一字为属名，用名词，大写；后一字为种名，用形容词，小写。一般属名表示细菌的形态或发现有贡献者，种名表明细菌的性状特征、寄居部位或所致疾病等。中文的命名次序与拉丁文相反，是种名在前，属名在后。例如Staphylococcus aureus，金黄色葡萄球菌；Escherichia coli，大肠埃希菌；Neisseria meningitidis，脑膜炎奈瑟菌等。属名亦可不将全文写出，只用第一个字母代表，如M. tuberculosis，S. typhi等。有些常见菌有其习惯通用的俗名，如tubercle bacillus，结核杆菌；typhoid bacillus，伤寒杆菌；meningococcus，脑膜炎球菌等。有时泛指某一属细菌，不特指其中某个菌种，则可在属名后加sp.（单数）或spp.（复数），如Salmonella sp.表示为沙门菌属中的细菌。