钩端螺旋体体呈圆柱形但纤细，大小约0.1～0.2μm×6～12μm。螺旋细密而规则，菌体一端或两端弯曲呈钩状，整个菌体呈C、S形状。钩体的最外层为外膜，其内为螺旋状的肽聚糖层和胞膜包绕的细胞质，在外膜与肽聚糖层之间有两根轴丝（内浆鞭毛），各由一端伸至菌体的中央。常用Fontana银染色法，将其染成棕褐色。X1000