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梅毒螺旋体形体细长且两端尖直,螺旋致密而规则,运动活泼。大小约6~15μm×0.1~0.2μm。菌体表面有荚膜样物质,其化学组成为脂多糖。电镜观察其结构有细胞壁和细胞膜,细胞膜内为含有细胞质和核质的原生质圆柱体。圆柱体表面绕有3~4根轴丝,也称内鞭毛(endoflagella),与运动有关.外膜蛋白具有高度免疫原性,在免疫学诊断及预防中可能起到重要作用。梅毒螺旋体基因为环状DNA,长约1000kb,有1041个ORF,半数以上ORF具有生物学功能。普通染色不易着色,常采用Fontana镀银染色法将其染成棕褐色,菌体变粗在光镜下易于查见。新鲜病变标本可直接在暗视野显微镜下,观察其形态与运动方式。X1000